★用無(wú)水乙醇沉淀DNA,這是實(shí)驗(yàn)中用的沉淀DNA的方法。乙醇的優(yōu)點(diǎn)是可以任意比和水相混溶,乙醇與核酸不會(huì)起任何化學(xué)反應(yīng),對(duì)DNA很安全,因此是理想的沉淀劑。
DNA溶液是DNA以水合狀態(tài)穩(wěn)定存在乙醇濃度,當(dāng)加入乙醇時(shí),乙醇會(huì)奪去DNA周?chē)乃肿?,使DNA失水而易于聚合。一般實(shí)驗(yàn)中,是加2倍體積的無(wú)水乙醇與DNA相混合,其乙醇的終含量占67%左右。因而也可改用95%乙醇來(lái)替代無(wú)水乙醇(因?yàn)闊o(wú)水乙醇的價(jià)格遠(yuǎn)遠(yuǎn)比95%乙醇昂貴)。
但是加95%的乙醇使總體積增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA損失也增大,尤其用多次乙醇沉淀時(shí),就會(huì)影響收得率。
折中的做法是初次沉淀DNA時(shí)可用95%乙醇代替無(wú)水乙酵,后的沉淀步驟要使用無(wú)水乙醇。也可以用0.6倍體積的異丙醇選擇性沉淀DNA。一般在室溫下放置15-30分鐘即可。
★在用乙醇沉淀DNA時(shí),為什么一定要加NaAc或NaCl至終濃度達(dá)0.1~0.25mol/L?
在pH為8左右的溶液中,DNA分子是帶負(fù)電荷的,加一定濃度的NaAc或NaCl,使Na+中和DNA分子上的負(fù)電荷,減少DNA分子之間的同電荷相斥力氨氣報(bào)警器,易于互相聚合而形成DNA鈉鹽沉淀,當(dāng)加入的鹽溶液濃度太低時(shí),只有部分DNA形成DNA鈉鹽而聚合。
這樣就造成DNA沉淀不完全,當(dāng)加入的鹽溶液濃度太高時(shí)乙醇濃度,其效果也不好。在沉淀的DNA中,由于過(guò)多的鹽雜質(zhì)存在,影響DNA的酶切等反應(yīng),必須要進(jìn)行洗滌或重沉淀。
★加核糖核酸酶降解核糖核酸后,為什么再要用SDS與KAc來(lái)處理?
加進(jìn)去的RNase本身是一種蛋白質(zhì),為了純化DNA,又必須去除之乙醇濃度,加SDS可使它們成為SDS-蛋白復(fù)合物沉淀,再加KAc使這些復(fù)合物轉(zhuǎn)變?yōu)槿芙舛雀〉拟淃}形式的SDS-蛋白質(zhì)復(fù)合物,使沉淀更加完全。也可用飽和酚、氯f(wàn)ang抽提再沉淀,去除RNase。在溶液中,有人以KAc代替NaAc,也可以收到較好效果。
★為什么在保存或抽提DNA過(guò)程中,一般采用TE緩沖液?
在基因操作實(shí)驗(yàn)中可燃?xì)怏w檢測(cè)儀,選擇緩沖液的主要原則是考慮DNA的穩(wěn)定性及緩沖液成分不產(chǎn)生干擾作用。磷酸鹽緩沖系統(tǒng)(pKa=7.2)和硼酸系統(tǒng)(pKa=9.24)等雖然也都符合細(xì)胞內(nèi)環(huán)境的生理范圍(pH),可作DNA的保存液,但在轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)時(shí),磷酸根離子的種類(lèi)及數(shù)量將與Ca2+產(chǎn)生Ca3(PO4)2沉淀。
在DNA反應(yīng)時(shí),不同的酶對(duì)輔助因子的種類(lèi)及數(shù)量要求不同,有的要求高離子濃度,有的則要求低鹽濃度,采用Tris-HCl(pKa=8.0)的緩沖系統(tǒng),由于緩沖液是TrisH+/Tris,不存在金屬離子的干擾作用,故在提取或保存DNA時(shí),大都采用Tris-HCl系統(tǒng),而TE緩沖液中的EDTA更能穩(wěn)定DNA的活性。
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